Полагаю ответ достаточно прост: При разгоне надо разгонять большую массу, масса корабля, масса топлива на разгон и масса топлива на торможение, а при торможении топливо на разгон уже израсходованно и тормозить надо меньшую массу.
П.С. для химических двигателей(та и на анти-материи) масса топлива намного больше полезной массы, массы корабля. Все таки логарифм в формуле Циолковского очень осложняет жизнь космонавтов.